Le Docking Moléculaire
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Le Docking Moléculaire
Dans notre pays, le docking moléculaire est encore méconnu, j’ai eu l’honneur d’être la première étudiante « avec mon binôme » après mon promoteur ayant abordé ce sujet dans toutes les universités algériennes il y a de cela presque 3 ans et fière que mes recherches ont abouti à quelque chose qui prouve que les étudiants algériens ont un énorme potentiel qui pourrait développer le domaine de la recherche scientifique……
Lors de nos parcours de scientifiques, nous avons toujours entendu parler ou même pratiquer des expériences en mode « In vitro » ou même en mode « In vivo » mais avez-vous déjà entendu parler d’expériences menées en mode « In silico » ?
La science évolue de jour en jour et de nouvelles pratiques font révolutionner le monde de la recherche scientifique.
Désormais, la biologie moléculaire s’associe à l’informatique pour créer un nouvel univers de recherche, il s’agit de la bio-informatique qui a donné naissance au Docking moléculaire.
Mais qu’est ce que le Docking Moléculaire ?
Au lieu de passer des heures, des jours, des mois ou même des années dans un laboratoire à tester certaines molécules « souvent pharmaceutiques » dans le but de savoir si elles ont un effet thérapeutique bénéfique ou pas sur un patient, le docking moléculaire est venu métamorphoser la nature des processus de la recherche de molécules efficaces.
Il s’agit d’un ensemble d’approches informatisées dont les résultats se retrouvent in vitro et in vivo, dans des cellules voire des organismes modèles.
Le docking moléculaire in silico vise à prédire la structure d'un complexe moléculaire à partir des molécules isolées, ce qui est considérablement plus facile à mettre en oeuvre, moins cher et plus rapide que l'utilisation d'une des méthodes expérimentales de longue durée qui peuventt aboutir ou pas à de bons résultats.
Pour plus d'informations, je pourrai vous expliquer comment cela se passe.
Lors de nos parcours de scientifiques, nous avons toujours entendu parler ou même pratiquer des expériences en mode « In vitro » ou même en mode « In vivo » mais avez-vous déjà entendu parler d’expériences menées en mode « In silico » ?
La science évolue de jour en jour et de nouvelles pratiques font révolutionner le monde de la recherche scientifique.
Désormais, la biologie moléculaire s’associe à l’informatique pour créer un nouvel univers de recherche, il s’agit de la bio-informatique qui a donné naissance au Docking moléculaire.
Mais qu’est ce que le Docking Moléculaire ?
Au lieu de passer des heures, des jours, des mois ou même des années dans un laboratoire à tester certaines molécules « souvent pharmaceutiques » dans le but de savoir si elles ont un effet thérapeutique bénéfique ou pas sur un patient, le docking moléculaire est venu métamorphoser la nature des processus de la recherche de molécules efficaces.
Il s’agit d’un ensemble d’approches informatisées dont les résultats se retrouvent in vitro et in vivo, dans des cellules voire des organismes modèles.
Le docking moléculaire in silico vise à prédire la structure d'un complexe moléculaire à partir des molécules isolées, ce qui est considérablement plus facile à mettre en oeuvre, moins cher et plus rapide que l'utilisation d'une des méthodes expérimentales de longue durée qui peuventt aboutir ou pas à de bons résultats.
Pour plus d'informations, je pourrai vous expliquer comment cela se passe.
Last edited by Rima Br on Wed 14 Jul - 18:40; edited 1 time in total
Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
Rima Br wrote:
Désormais, la biologie moléculaire s’associe à l’informatique pour créer un nouvel univers de recherche, il s’agit de la bio-informatique qui a donné naissance au Docking moléculaire.
la premiere question qui me venait à mon esprit c 'est est ce que ce doking a une relation avec la modélisation moléculaire où on peut comparer deux molécules avec leur spectre de réactivité chimique structure disposition des atomes ,apport ou don d'électron....ce n'est qu'une petite idée si non j'ai hâte de voir la suite ...
cytomade-
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Re: Le Docking Moléculaire
Salam
Premierement je vous félicite pour votre travail, et ça fait plaisir que vous etes les premiers étudiants qui ont parlé de ce sujet en ALgérie,
A propos votre theme, je pense qu'il ne faut pas utiliser de l'informatique pour prouver vos recherches parce que je crois que l'informatique n'est pas fiable comme les vrais tests "in vivo" et "in vitro", on peut l'utiliser pour avoir des resultats des analyses des ADN.. mais pas pour faire des simulations des réactions chimiques dans une cellule.
Ce n'est que mon opinion et je vous dis pas que c'est pas bien, au contraire j'aime que vous continuez vos recherches nchalah et nous expliquez encore cette nouvelle technique.
Merci
Premierement je vous félicite pour votre travail, et ça fait plaisir que vous etes les premiers étudiants qui ont parlé de ce sujet en ALgérie,
A propos votre theme, je pense qu'il ne faut pas utiliser de l'informatique pour prouver vos recherches parce que je crois que l'informatique n'est pas fiable comme les vrais tests "in vivo" et "in vitro", on peut l'utiliser pour avoir des resultats des analyses des ADN.. mais pas pour faire des simulations des réactions chimiques dans une cellule.
Ce n'est que mon opinion et je vous dis pas que c'est pas bien, au contraire j'aime que vous continuez vos recherches nchalah et nous expliquez encore cette nouvelle technique.
Merci
Physiolog- Amateur
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Re: Le Docking Moléculaire
à Physiolog:Il est vrai que ces méthodes sont fiables à 99% mais il est nécessaire de tester les molécules choisies in vivo pour permettre de confirmer si leur usage est efficace.
Le Docking moléculaire est l’ensemble de méthodes algorithmiques et géométriques utilisées dans la création de molécules avec toutes leurs dimensions à l’aide d’un logiciel informatique.
Pour cela, de nombreux logiciels existent pour effectuer des criblages in silico,ça permet de prédire les molécules les plus complémentaires du site actif de la cible susceptibles de l’activer ou de l’inhiber.
Ce sont des programmes de calcul des énergies d’interactions entre molécules, ils permettent les modélisations moléculaires, les graphiques rapportés à des molécules biologiques….
Ainsi les molécules testées, peuvent être classées rapidement, et les plus intéressantes d’entres elles, seront retenues pour une étude expérimentale qui seule, permettra de valider ou pas leur action.
Ceci s’effectue à l’aide de ce qu’on appelle la PDB " Proteine Data Bank ". Cette dernière constitue la principale source de données structurales à partir de laquelle nous relevons les coordonnées atomiques x,y,z des molécules testées.
Dans mon projet de fin d’études, j’ai utilisé un logiciel informatique pour tester une molécule qui pourrait inhiber l’une des enzymes responsables de maladies cancéreuses.
Le résultat était plus que satisfaisant, après recherche,la molécule nous a donné un très bon résultat avec une configuration spatiale qui a montré une bonne superposition de l’enzyme avec son ligand qui est cette molécule.
Le Docking moléculaire est l’ensemble de méthodes algorithmiques et géométriques utilisées dans la création de molécules avec toutes leurs dimensions à l’aide d’un logiciel informatique.
Pour cela, de nombreux logiciels existent pour effectuer des criblages in silico,ça permet de prédire les molécules les plus complémentaires du site actif de la cible susceptibles de l’activer ou de l’inhiber.
Ce sont des programmes de calcul des énergies d’interactions entre molécules, ils permettent les modélisations moléculaires, les graphiques rapportés à des molécules biologiques….
Ainsi les molécules testées, peuvent être classées rapidement, et les plus intéressantes d’entres elles, seront retenues pour une étude expérimentale qui seule, permettra de valider ou pas leur action.
Ceci s’effectue à l’aide de ce qu’on appelle la PDB " Proteine Data Bank ". Cette dernière constitue la principale source de données structurales à partir de laquelle nous relevons les coordonnées atomiques x,y,z des molécules testées.
Dans mon projet de fin d’études, j’ai utilisé un logiciel informatique pour tester une molécule qui pourrait inhiber l’une des enzymes responsables de maladies cancéreuses.
Le résultat était plus que satisfaisant, après recherche,la molécule nous a donné un très bon résultat avec une configuration spatiale qui a montré une bonne superposition de l’enzyme avec son ligand qui est cette molécule.
Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
Merci pour l'expliquation Rima Br, c'est vraiment interessant.
Mais est ce que cette méthode sera utilisée plus tard dans les laboratoires?
Mais est ce que cette méthode sera utilisée plus tard dans les laboratoires?
Physiolog- Amateur
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Re: Le Docking Moléculaire
Il n'y a pas de quoi.
Cette méthode est largement utilisée dans les laboratoires européens et américains depuis des années déjà. Ce type de recherches se classe "Top secret" dans la majorité des laboratoires puisqu'il aboutit toujours à la découverte de molécules destinées à être commercialisées dans l'industrie pharmaceutique.
Cette méthode est largement utilisée dans les laboratoires européens et américains depuis des années déjà. Ce type de recherches se classe "Top secret" dans la majorité des laboratoires puisqu'il aboutit toujours à la découverte de molécules destinées à être commercialisées dans l'industrie pharmaceutique.
Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
ah ok j'ai bien compris
MErci
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Re: Le Docking Moléculaire
filicitation rima
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Re: Le Docking Moléculaire
wellah je suis trop fiere de toi chére rima , lah ibarek
et merci beaucoup pour le partage
et merci beaucoup pour le partage
thileli- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
allah yberek fik
ça nécessite beaucoup d'efforts mais elhamdoulilleh, ça aboutit au moins à quelque chose.
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Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
BRAVO RIMA! c'est un honneur pour nous
ange22- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
Et un honneur pour moi d'être parmi vous. Merci.
Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
coucou tous le monde
alors la j ai de la chance est ce message est exclusivement pour RIMA car cette anneé j ai un projet a préparer son intitulé est :DETAILED ANALYSIS GRID BASED MOLECULAR DOCKING:A CASE STUDY OF CDOCKER-A CHARMm-BASED MD DOCKING ALGORITHM
Rima j ai besoin de votre aide m adresse msn est :azerty-best@hotmail.fr contactez moi please.
Merci
ELan- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
bonjour,
votre sujet est l'objet d'une publication en 2003 par Wu G, Robertson DH, Brooks CL 3rd, Vieth M. publié dans le Journal of Computational Chemistry.
l'article (de14 pages) est payant sur internet ... mais comme cadeau de mon 1er message dans ce forum, j'ai utilisé mon compte de laboratoire où je travail pour avoir ton article et je tu le laisse dans mon serveur pour que tu puisse le télécharger: ICI
bon courage
votre sujet est l'objet d'une publication en 2003 par Wu G, Robertson DH, Brooks CL 3rd, Vieth M. publié dans le Journal of Computational Chemistry.
l'article (de14 pages) est payant sur internet ... mais comme cadeau de mon 1er message dans ce forum, j'ai utilisé mon compte de laboratoire où je travail pour avoir ton article et je tu le laisse dans mon serveur pour que tu puisse le télécharger: ICI
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chevalier brun- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
Hello chevalier brun !!!
comme je suis débutante sur ce forum je voulais savoir ou tu la posté (Article)???
Merci
comme je suis débutante sur ce forum je voulais savoir ou tu la posté (Article)???
Merci
ELan- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
re,
passe la souris sur le mot "ICI" dans mon message en haut, et tu va voir que il change de couleur c'est un lien clique sur lui et tu as l'article qui apparait
bonne lecture
passe la souris sur le mot "ICI" dans mon message en haut, et tu va voir que il change de couleur c'est un lien clique sur lui et tu as l'article qui apparait
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chevalier brun- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
Ah salut tous le monde, merci bien rima pour l'article, j'ai presque deux ans que je travaille sur des logiciels "in silico" (bio informatique) lorsque j'ai installé l'ubuntu un programme d'éxploitation sur mon ordinateur, j'ai trouvé des programmes de tester des molécules biologiques en enzymologie et autres, et même de construire une molécule d'ADN ou ARN pour avoir une bonne maquette pour mieux comprendre comment la transcription et la traduction se déroulent.
YOUCEFI Soufiane- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
salut,
oui avec ubuntu ( et il faut dire unix c'est mieux) il y a bcp de packages dédiés a l'analyse bioinformatique installés.
dans les laboratoires de recherche on travaille qu'avec sa ...
@ YOUCEFI Soufiane: tu travaille dans quelles domaine ? et dans quelle ville ?
pour les débutants j'ai donné un petit TP à mes étudiants sur l'utilisation d'un outil 3D
titre: manipulation des structures moléculaires en 3D avec un outil bioinformatique
voila le lien : [You must be registered and logged in to see this link.]
amusez vous.
^^
oui avec ubuntu ( et il faut dire unix c'est mieux) il y a bcp de packages dédiés a l'analyse bioinformatique installés.
dans les laboratoires de recherche on travaille qu'avec sa ...
@ YOUCEFI Soufiane: tu travaille dans quelles domaine ? et dans quelle ville ?
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titre: manipulation des structures moléculaires en 3D avec un outil bioinformatique
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chevalier brun- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
merci bien chevalier brun pour le PDF, j'ai joué une fois par ce programme il est formidable.
je suis encore un étudiant en 4 année biologie option contrôle de qualité et analyse, en béchar algérie.
et ma curiosité qui ma mène à jouer hhhh avec ces types des logiciels d la bioinformatique et autant que je suis biologiste bien sur ça m'intéresse beaucoup.
je suis encore un étudiant en 4 année biologie option contrôle de qualité et analyse, en béchar algérie.
et ma curiosité qui ma mène à jouer hhhh avec ces types des logiciels d la bioinformatique et autant que je suis biologiste bien sur ça m'intéresse beaucoup.
YOUCEFI Soufiane- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
Merci Chevalier brun pour le fichier PDF.
Parfois,pour faire vite et simplifier certaines choses, nous sommes toujours en quête d'un logiciel facile à utiliser.
je vous propose Arguslab, un logiciel qu'on peut trouver gratuitement sur internet, et avec lequel on peut créer facilement des molécules à partir de la PDB.
Parfois,pour faire vite et simplifier certaines choses, nous sommes toujours en quête d'un logiciel facile à utiliser.
je vous propose Arguslab, un logiciel qu'on peut trouver gratuitement sur internet, et avec lequel on peut créer facilement des molécules à partir de la PDB.
Rima Br- V.I.P
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Re: Le Docking Moléculaire
good!!!!!
ELan- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
c génial de voir quelqu'un qui aime son travail ..rabi yakeml inchallah
kaka789- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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ficlicitation
salem
D'abord je vous félicite pour ce travail , je ss informaticien et je vais commence bintot a travailer sur ce sujet " Docking Molucular" , on utilisant le calcule parallèle ( calcule haute performance ) pour accélérer ce proccessus ,
donc pour bien démarrer il faut que je familiariser avec le thème " Doking Molucalar " ,donc j'ai besoin de votre mémoire et d'autre documentation si vous en avez ;
mon mail est : [You must be registered and logged in to see this link.]
merci d'avance
D'abord je vous félicite pour ce travail , je ss informaticien et je vais commence bintot a travailer sur ce sujet " Docking Molucular" , on utilisant le calcule parallèle ( calcule haute performance ) pour accélérer ce proccessus ,
donc pour bien démarrer il faut que je familiariser avec le thème " Doking Molucalar " ,donc j'ai besoin de votre mémoire et d'autre documentation si vous en avez ;
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intique16- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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félicitation
salem
d'abord je vous félicite pour votre travail ,
je suis informaticien et je vais bientôt commencer a travail sur ce sujet " Docking molecular " donc si vous pouvez m'aider je serai très reconnaissant ,j'ai besoin de votre mémoire ainsi de la docs sur le "docking molecular"
mon mail est [You must be registered and logged in to see this link.]
merci d'avance
intique16- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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Re: Le Docking Moléculaire
d'abord je vous félicite pour votre travail
je suis biochimiste a université de Constantine et j'ai déjà travaillé avec ce jors logiciel surtout Autodock et j aimerais bien ma sœur ryma de contacter psk j'ai besoin de votre conseils car on a travaillé sur même sujet inhibiteur enzyme la seul déférence c que moi sur le sujet de Sida et toi de concer .
donc ma boite émail: [You must be registered and logged in to see this link.]
mon facebook: Djamil prince milano
et merciii a l'avance ryma
je suis biochimiste a université de Constantine et j'ai déjà travaillé avec ce jors logiciel surtout Autodock et j aimerais bien ma sœur ryma de contacter psk j'ai besoin de votre conseils car on a travaillé sur même sujet inhibiteur enzyme la seul déférence c que moi sur le sujet de Sida et toi de concer .
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prince milano- Rester sympas ;je suis un nouveau membre
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